Comme toute cité médiévale, Pérouges a connu une alternance de périodes florissantes et d'époques plus agitées… Dès le Moyen Âge, la prospère cité de tisserands jouit de sa position stratégique sur le plateau de la Dombes et sur la route des foires entre Lyon et Genève. Au XVème siècle, le village passe tour à tour des mains des Dauphinois à celles des Savoyards puis, au XVIème siècle, subit les guerres de religion. Pourtant, de multiples témoignages du passé médiéval de Pérouges sont parvenus à traverser les siècles. La porte d'En-Haut, par laquelle on pénètre actuellement dans la cité, est splendide avec sa lourde porte et donne accès à l'église-forteresse du XVème siècle, unique dans l'Ain. L'ancien tracé des remparts donne au bourg sa forme elliptique. La porte d'En-Bas, presque entièrement détruite lors du dernier assaut dauphinois, offre un très beau panorama sur Meximieux et la vallée de l'Ain. L'Hostellerie du vieux Pérouges, superbe maison à pans de bois du XIIe siècle reste une institution sur la place du Tilleul où trône toujours l'arbre planté juste après la Révolution… Finalement rattaché au Royaume de France en 1601, Pérouges connaît alors une véritable période de prospérité autour du tissage et de la viticulture.